Discovery of Avian Paramyxoviruses APMV-1 and APMV-6 in Shorebirds and Waterfowl in Southern Ukraine
Завантаження...
Дата
2022-06-23
Назва журналу
ISSN журналу
Назва тому
Видавець
Creative Commons CC BY
Анотація
Emerging RNA virus infections are a growing concern among domestic bird and poultry industries due to the severe impact it can have on the flock health and economic livelihoods. Avian paramyxoviruses (APMV) are pathogenic, negative sense RNA viruses that cause serious infections in the respiratory and central nervous system. APMV was detected in multiple avian species during the 2017 migration season in Ukraine, and studied using PCR, virus isolation, and sequencing. Of the 4090 wild bird samples, eleven swabs were isolated in chicken embryos and identified for APMV
serotype by hemagglutinin inhibition test: APMV-1, APMV-4, APMV-6, APMV-7. At a variety of sites in Ukraine we characterized the virulence of the virus and further analyzed and predicted the potential risks of spillover to immunologically naïve populations. RNA was extracted and amplified using a multiplex-tiling primer approach to encompass full APMV genomes. Full-length APMV-1 (n=5) and APMV-6 (n=2) genomes were sequenced on an Oxford Nanopore MinION device in Ukraine. All APMV-1 and APMV-6 fusion (F) proteins possessed a monobasic cleavage site, suggesting these APMV were likely low virulence, annually circulating strains. Utilization of this lowcost method will identify gaps in viral evolution and circulation in this understudied but important critical region for Eurasia. Нові РНК-вірусні інфекції викликають дедалі більше занепокоєння серед домашнього птахівництва та птахівництва через серйозний вплив, який вони можуть мати на здоров’я стада та економічні засоби існування. Пташині параміксовіруси (APMV) — це патогенні РНК-віруси негативного сенсу, які викликають серйозні інфекції дихальної та центральної нервової системи. APMV був виявлений у кількох видів птахів під час міграційного сезону 2017 року в Україні та досліджений за допомогою ПЛР, ізоляції вірусу та секвенування. З 4090 зразків диких птахів одинадцять мазків були виділені в курячих ембріонах і ідентифіковані на APMV
серотип за тестом інгібування гемаглютиніну: APMV-1, APMV-4, APMV-6, APMV-7. У різних місцях в Україні ми охарактеризували вірулентність вірусу та додатково проаналізували та передбачили потенційні ризики поширення на імунологічно наївні групи населення. РНК екстрагували та ампліфікували з використанням праймерного підходу мультиплексного тайлінгу, щоб охопити повні геноми APMV. Повнорозмірні геноми APMV-1 (n=5) і APMV-6 (n=2) секвенували на пристрої Oxford Nanopore MinION в Україні. Усі злиті (F) білки APMV-1 і APMV-6 мали одноосновний сайт розщеплення, що свідчить про те, що ці APMV, ймовірно, були низьковірулентними штамами, що циркулювали щорічно. Використання цього недорогого методу дозволить виявити прогалини в еволюції та циркуляції вірусу в цьому маловивченому, але важливому для Євразії регіоні.
Опис
Ключові слова
Viral Ecology, Surveillance of Avian Paramyxoviruses, APMV, wild birds, next generation sequencing, MinION, Azov-Black Sea region in Ukraine, вірусна екологія, АПМВ, дикі птахи, спостереження за параміксовірусами птахів, секвенування наступного покоління, Азово-Чорноморський регіон в Україні
Цитування
Discovery of Avian Paramyxoviruses APMV-1 and APMV-6 in Shorebirds and Waterfowl in Southern Ukraine / A. C. Klink, O. Rula, M. Sushko, M. Bezymennyi, O. Mezinov, O. Gaidash [et al.] // Preprints (www.preprints.org) / Creative Commons CC BY., 23 June 2022.