Discovery of Avian Paramyxoviruses APMV-1 and APMV-6 in Shorebirds and Waterfowl in Southern Ukraine

Спрощена сторінка документа
dc.contributor.authorKlink, A. C.
dc.contributor.authorRula, O.
dc.contributor.authorSushko, M.
dc.contributor.authorBezymennyi, M.
dc.contributor.authorMezinov, O.
dc.contributor.authorGaidash, O.
dc.contributor.authorBai, X.
dc.contributor.authorStegniy, A.
dc.contributor.authorSushko, M.
dc.contributor.authorDatsenko, R.
dc.contributor.authorSkorohod, S.
dc.contributor.authorNedosekov, V.
dc.contributor.authorHill, N.
dc.contributor.authorNinu, L.
dc.contributor.authorKovalenko, G.
dc.contributor.authorDucluzeau, A
dc.contributor.authorMezhenskiy, A.
dc.contributor.authorDrown, D.
dc.contributor.authorCausey, D.
dc.contributor.authorStegniy, B.
dc.contributor.authorGerilovych, A.
dc.contributor.authorBortz, E.
dc.contributor.authorMuzyka, D.
dc.date.accessioned2022-12-12T17:13:29Z
dc.date.available2022-12-12T17:13:29Z
dc.date.issued2022-06-23
dc.description.abstractEmerging RNA virus infections are a growing concern among domestic bird and poultry industries due to the severe impact it can have on the flock health and economic livelihoods. Avian paramyxoviruses (APMV) are pathogenic, negative sense RNA viruses that cause serious infections in the respiratory and central nervous system. APMV was detected in multiple avian species during the 2017 migration season in Ukraine, and studied using PCR, virus isolation, and sequencing. Of the 4090 wild bird samples, eleven swabs were isolated in chicken embryos and identified for APMV serotype by hemagglutinin inhibition test: APMV-1, APMV-4, APMV-6, APMV-7. At a variety of sites in Ukraine we characterized the virulence of the virus and further analyzed and predicted the potential risks of spillover to immunologically naïve populations. RNA was extracted and amplified using a multiplex-tiling primer approach to encompass full APMV genomes. Full-length APMV-1 (n=5) and APMV-6 (n=2) genomes were sequenced on an Oxford Nanopore MinION device in Ukraine. All APMV-1 and APMV-6 fusion (F) proteins possessed a monobasic cleavage site, suggesting these APMV were likely low virulence, annually circulating strains. Utilization of this lowcost method will identify gaps in viral evolution and circulation in this understudied but important critical region for Eurasia. Нові РНК-вірусні інфекції викликають дедалі більше занепокоєння серед домашнього птахівництва та птахівництва через серйозний вплив, який вони можуть мати на здоров’я стада та економічні засоби існування. Пташині параміксовіруси (APMV) — це патогенні РНК-віруси негативного сенсу, які викликають серйозні інфекції дихальної та центральної нервової системи. APMV був виявлений у кількох видів птахів під час міграційного сезону 2017 року в Україні та досліджений за допомогою ПЛР, ізоляції вірусу та секвенування. З 4090 зразків диких птахів одинадцять мазків були виділені в курячих ембріонах і ідентифіковані на APMV серотип за тестом інгібування гемаглютиніну: APMV-1, APMV-4, APMV-6, APMV-7. У різних місцях в Україні ми охарактеризували вірулентність вірусу та додатково проаналізували та передбачили потенційні ризики поширення на імунологічно наївні групи населення. РНК екстрагували та ампліфікували з використанням праймерного підходу мультиплексного тайлінгу, щоб охопити повні геноми APMV. Повнорозмірні геноми APMV-1 (n=5) і APMV-6 (n=2) секвенували на пристрої Oxford Nanopore MinION в Україні. Усі злиті (F) білки APMV-1 і APMV-6 мали одноосновний сайт розщеплення, що свідчить про те, що ці APMV, ймовірно, були низьковірулентними штамами, що циркулювали щорічно. Використання цього недорогого методу дозволить виявити прогалини в еволюції та циркуляції вірусу в цьому маловивченому, але важливому для Євразії регіоні.uk_UA.UTF-8
dc.identifier.citationDiscovery of Avian Paramyxoviruses APMV-1 and APMV-6 in Shorebirds and Waterfowl in Southern Ukraine / A. C. Klink, O. Rula, M. Sushko, M. Bezymennyi, O. Mezinov, O. Gaidash [et al.] // Preprints (www.preprints.org) / Creative Commons CC BY., 23 June 2022.uk_UA.UTF-8
dc.identifier.urihttps://dspace.hnpu.edu.ua/handle/123456789/9336
dc.language.isoenuk_UA.UTF-8
dc.publisherCreative Commons CC BYuk_UA.UTF-8
dc.subjectViral Ecologyuk_UA.UTF-8
dc.subjectSurveillance of Avian Paramyxovirusesuk_UA.UTF-8
dc.subjectAPMVuk_UA.UTF-8
dc.subjectwild birdsuk_UA.UTF-8
dc.subjectnext generation sequencinguk_UA.UTF-8
dc.subjectMinIONuk_UA.UTF-8
dc.subjectAzov-Black Sea region in Ukraineuk_UA.UTF-8
dc.subjectвірусна екологіяuk_UA.UTF-8
dc.subjectАПМВuk_UA.UTF-8
dc.subjectдикі птахиuk_UA.UTF-8
dc.subjectспостереження за параміксовірусами птахівuk_UA.UTF-8
dc.subjectсеквенування наступного поколінняuk_UA.UTF-8
dc.subjectАзово-Чорноморський регіон в Україніuk_UA.UTF-8
dc.titleDiscovery of Avian Paramyxoviruses APMV-1 and APMV-6 in Shorebirds and Waterfowl in Southern Ukraineuk_UA.UTF-8
dc.title.alternativeВиявлення пташиних параміксовірусів APMV-1 та APMV-6 у берегових та водоплавних птахів півдня Україниuk_UA.UTF-8
dc.typePreprintuk_UA.UTF-8
Файли
Оригінальний пакет
Зараз показано 1 - 1 з 1
Зображення мініатюри
Назва:
Avian Paramyxoviruses APMV.pdf
Розмір:
1.09 MB
Формат:
Adobe Portable Document Format
Опис:
Завантажити
Ліцензійний пакет
Зараз показано 1 - 1 з 1
Зображення мініатюри
Назва:
license.txt
Розмір:
9.64 KB
Формат:
Item-specific license agreed upon to submission
Опис:
Завантажити
Колекції
Кафедра зоології