Discovery of Avian Paramyxoviruses APMV-1 and APMV-6 in Shorebirds and Waterfowl in Southern Ukraine
Завантаження...
Дата
2023
Назва журналу
ISSN журналу
Назва тому
Видавець
Licensee MDPI, Basel, Switzerland. Attribution (CC BY) license
Анотація
Emerging RNA virus infections are a growing concern among domestic poultry industries due to the severe impact they can have on flock health and economic livelihoods. Avian paramyxoviruses (APMV; avulaviruses, AaV) are pathogenic, negative-sense RNA viruses that cause serious infections in the respiratory and central nervous systems. APMV was detected in multiple avian species during the 2017 wild bird migration season in Ukraine and studied using PCR, virus isolation, and sequencing. Of 4090 wild bird samples collected, mostly from southern Ukraine, eleven isolates were grown in ovo and identified for APMV serotype by hemagglutinin inhibition test as: APMV-1, APMV-4, APMV-6, and APMV-7. To build One Health’s capacity to characterize APMV virulence and analyze the potential risks of spillover to immunologically naïve populations, we sequenced virus genomes in veterinary research labs in Ukraine using a nanopore (MinION) platform. RNA was extracted and amplified using a multiplex tiling primer approach to specifically capture full-length APMV-1 (n = 5) and APMV-6 (n = 2) genomes at high read depth. All APMV-1 and APMV-6 fusion (F) proteins possessed a monobasic cleavage site, suggesting these APMVs were likely low virulence, annually circulating strains. Utilization of this low-cost method will identify gaps in viral evolution and circulation in this understudied but important critical region for Eurasia. Нові РНК-вірусні інфекції викликають дедалі більше занепокоєння серед вітчизняних птахівницьких підприємств через серйозний вплив, який вони можуть мати на здоров’я стада та економічні засоби існування. Параміксовіруси птахів (APMV; авулавіруси, AaV) є патогенними РНК-вірусами негативного сенсу, які викликають серйозні інфекції дихальної та центральної нервової систем. APMV був виявлений у кількох птахів видів під час сезону міграції диких птахів в Україні 2017 р. та досліджено за допомогою ПЛР, виділення вірусу та секвенування. З 4090 зібраних зразків диких птахів, переважно з півдня України, одинадцять ізоляти вирощували in ovo та ідентифікували серотип APMV за допомогою тесту на інгібування гемаглютиніну як: АПМВ-1, АПМВ-4, АПМВ-6 і АПМВ-7. Щоб створити потенціал One Health для характеристики вірулентності APMV та проаналізувати потенційні ризики поширення на імунологічно наївні групи населення, ми секвенували геномів вірусів у ветеринарних дослідницьких лабораторіях України на платформі нанопор (MinION). РНК була витягнутий і посилений за допомогою підходу мультиплексного праймера для спеціального захоплення повної довжини Геноми APMV-1 (n = 5) і APMV-6 (n = 2) на високій глибині зчитування. Усі злиття APMV-1 та APMV-6 (F) білки мали одноосновний сайт розщеплення, що свідчить про те, що ці APMV, ймовірно, мали низьку вірулентність, щорічно циркулюють штами. Використання цього недорогого методу дозволить виявити прогалини в еволюції вірусу і циркуляція в цьому маловивченому, але важливому для Євразії регіоні.
Опис
Ключові слова
viral ecology, surveillance of avian paramyxoviruses, APMV, wild birds, next-generation sequencing, minion, Azov-Black Sea region in Ukraine, вірусна екологія, нагляд за параміксовірусами птахів, дикі птахи, наступне покоління секвенування, міньйон, Азово-Чорноморський регіон в Україні
Цитування
Discovery of Avian Paramyxoviruses APMV-1 and APMV-6 in Shorebirds and Waterfowl in Southern Ukraine / A. C. Klink, O. Rula, M. Sushko [et al.] // Viruses. – Basel, Switzerland, 2023. – № 15. – Pp. 1.