Discovery of Avian Paramyxoviruses APMV-1 and APMV-6 in Shorebirds and Waterfowl in Southern Ukraine

Спрощена сторінка документа
dc.contributor.authorKlink C.
dc.contributor.authorRula O.
dc.contributor.authorSushko M.
dc.contributor.authorBezymennyi M.
dc.contributor.authorMezinov O.
dc.contributor.authorGaidash O.
dc.contributor.authorBai X.
dc.contributor.authorStegniy A.
dc.contributor.authorSapachova M.
dc.contributor.authorDatsenko R.
dc.contributor.authorSkorokhod S.
dc.contributor.authorNedosekov V.
dc.contributor.authorHill N.
dc.contributor.authorNinua L.
dc.contributor.authorKovalenko G.
dc.contributor.authorDucluzeau A,
dc.contributor.authorMezhenskyi A.
dc.contributor.authorButtler J.
dc.contributor.authorDrown D.
dc.contributor.authorCausey D.
dc.contributor.authorStegniy B.
dc.contributor.authorGerilovych A.
dc.contributor.authorBortz E.
dc.contributor.authorMuzyka D.
dc.date.accessioned2023-09-27T08:57:31Z
dc.date.available2023-09-27T08:57:31Z
dc.date.issued2023
dc.description.abstractEmerging RNA virus infections are a growing concern among domestic poultry industries due to the severe impact they can have on flock health and economic livelihoods. Avian paramyxoviruses (APMV; avulaviruses, AaV) are pathogenic, negative-sense RNA viruses that cause serious infections in the respiratory and central nervous systems. APMV was detected in multiple avian species during the 2017 wild bird migration season in Ukraine and studied using PCR, virus isolation, and sequencing. Of 4090 wild bird samples collected, mostly from southern Ukraine, eleven isolates were grown in ovo and identified for APMV serotype by hemagglutinin inhibition test as: APMV-1, APMV-4, APMV-6, and APMV-7. To build One Health’s capacity to characterize APMV virulence and analyze the potential risks of spillover to immunologically naïve populations, we sequenced virus genomes in veterinary research labs in Ukraine using a nanopore (MinION) platform. RNA was extracted and amplified using a multiplex tiling primer approach to specifically capture full-length APMV-1 (n = 5) and APMV-6 (n = 2) genomes at high read depth. All APMV-1 and APMV-6 fusion (F) proteins possessed a monobasic cleavage site, suggesting these APMVs were likely low virulence, annually circulating strains. Utilization of this low-cost method will identify gaps in viral evolution and circulation in this understudied but important critical region for Eurasia. Нові РНК-вірусні інфекції викликають дедалі більше занепокоєння серед вітчизняних птахівницьких підприємств через серйозний вплив, який вони можуть мати на здоров’я стада та економічні засоби існування. Параміксовіруси птахів (APMV; авулавіруси, AaV) є патогенними РНК-вірусами негативного сенсу, які викликають серйозні інфекції дихальної та центральної нервової систем. APMV був виявлений у кількох птахів видів під час сезону міграції диких птахів в Україні 2017 р. та досліджено за допомогою ПЛР, виділення вірусу та секвенування. З 4090 зібраних зразків диких птахів, переважно з півдня України, одинадцять ізоляти вирощували in ovo та ідентифікували серотип APMV за допомогою тесту на інгібування гемаглютиніну як: АПМВ-1, АПМВ-4, АПМВ-6 і АПМВ-7. Щоб створити потенціал One Health для характеристики вірулентності APMV та проаналізувати потенційні ризики поширення на імунологічно наївні групи населення, ми секвенували геномів вірусів у ветеринарних дослідницьких лабораторіях України на платформі нанопор (MinION). РНК була витягнутий і посилений за допомогою підходу мультиплексного праймера для спеціального захоплення повної довжини Геноми APMV-1 (n = 5) і APMV-6 (n = 2) на високій глибині зчитування. Усі злиття APMV-1 та APMV-6 (F) білки мали одноосновний сайт розщеплення, що свідчить про те, що ці APMV, ймовірно, мали низьку вірулентність, щорічно циркулюють штами. Використання цього недорогого методу дозволить виявити прогалини в еволюції вірусу і циркуляція в цьому маловивченому, але важливому для Євразії регіоні.
dc.identifier.citationDiscovery of Avian Paramyxoviruses APMV-1 and APMV-6 in Shorebirds and Waterfowl in Southern Ukraine / A. C. Klink, O. Rula, M. Sushko [et al.] // Viruses. – Basel, Switzerland, 2023. – № 15. – Pp. 1.
dc.identifier.urihttps://dspace.hnpu.edu.ua/handle/123456789/12576
dc.language.isoen
dc.publisherLicensee MDPI, Basel, Switzerland. Attribution (CC BY) license
dc.relation.ispartofseriesviruses
dc.subjectviral ecology
dc.subjectsurveillance of avian paramyxoviruses
dc.subjectAPMV
dc.subjectwild birds
dc.subjectnext-generation sequencing
dc.subjectminion
dc.subjectAzov-Black Sea region in Ukraine
dc.subjectвірусна екологія
dc.subjectнагляд за параміксовірусами птахів
dc.subjectдикі птахи
dc.subjectнаступне покоління секвенування
dc.subjectміньйон
dc.subjectАзово-Чорноморський регіон в Україні
dc.titleDiscovery of Avian Paramyxoviruses APMV-1 and APMV-6 in Shorebirds and Waterfowl in Southern Ukraine
dc.title.alternativeВідкриття пташиних параміксовірусів APMV-1 і APMV-6 в Прибережних та водоплавних птахів Півдня України
dc.typeArticle
Файли
Оригінальний пакет
Зараз показано 1 - 1 з 1
Зображення мініатюри
Назва:
Discovery_of_Avian_Paramyxoviruses_APMV-1_and_APMV.pdf
Розмір:
1.93 MB
Формат:
Adobe Portable Document Format
Опис:
Завантажити
Ліцензійний пакет
Зараз показано 1 - 1 з 1
Зображення мініатюри
Назва:
license.txt
Розмір:
9.64 KB
Формат:
Item-specific license agreed upon to submission
Опис:
Завантажити
Колекції
Кафедра зоології