Перегляд за Автор "Stegniy, B."

Зараз показано 1 - 3 з 3
  • Зображення мініатюри
    Документ
    Complete Genome Sequence of an Avian Orthoavulavirus 13 Strain Detected in Ukraine
    (Microbiology Resource Announcements, 2023) Goraichuk, I. V.; Muzyka, D.; Gaidash, O.; Gerilovych, A.; Stegniy, B.; Pantin-Jackwood, M. J.; Miller, P. J.; Afonso, C. L.; Suarez, D. L.
    We report the complete genome sequence of an avian orthoavulavirus 13 strain, isolated from a white-fronted goose in the Odesa region of Ukraine in 2013. The detection of avian orthoavulavirus 13 in Ukraine confirms that the geographic distribution of this virus extends beyond Asia. Ми повідомляємо повну послідовність генома пташиного ортоавулавірусу 13 штам, виділений від гуски білолобої в Одеській області України в 2013 р. виявлення ортоавулавірусу птахів 13 в Україні підтверджує, що географічне поширення цього вірусу поширюється за межі Азії.
  • Зображення мініатюри
    Документ
    Discovery of Avian Paramyxoviruses APMV-1 and APMV-6 in Shorebirds and Waterfowl in Southern Ukraine
    (Creative Commons CC BY, 2022-06-23) Klink, A. C.; Rula, O.; Sushko, M.; Bezymennyi, M.; Mezinov, O.; Gaidash, O.; Bai, X.; Stegniy, A.; Sushko, M.; Datsenko, R.; Skorohod, S.; Nedosekov, V.; Hill, N.; Ninu, L.; Kovalenko, G.; Ducluzeau, A; Mezhenskiy, A.; Drown, D.; Causey, D.; Stegniy, B.; Gerilovych, A.; Bortz, E.; Muzyka, D.
    Emerging RNA virus infections are a growing concern among domestic bird and poultry industries due to the severe impact it can have on the flock health and economic livelihoods. Avian paramyxoviruses (APMV) are pathogenic, negative sense RNA viruses that cause serious infections in the respiratory and central nervous system. APMV was detected in multiple avian species during the 2017 migration season in Ukraine, and studied using PCR, virus isolation, and sequencing. Of the 4090 wild bird samples, eleven swabs were isolated in chicken embryos and identified for APMV serotype by hemagglutinin inhibition test: APMV-1, APMV-4, APMV-6, APMV-7. At a variety of sites in Ukraine we characterized the virulence of the virus and further analyzed and predicted the potential risks of spillover to immunologically naïve populations. RNA was extracted and amplified using a multiplex-tiling primer approach to encompass full APMV genomes. Full-length APMV-1 (n=5) and APMV-6 (n=2) genomes were sequenced on an Oxford Nanopore MinION device in Ukraine. All APMV-1 and APMV-6 fusion (F) proteins possessed a monobasic cleavage site, suggesting these APMV were likely low virulence, annually circulating strains. Utilization of this lowcost method will identify gaps in viral evolution and circulation in this understudied but important critical region for Eurasia. Нові РНК-вірусні інфекції викликають дедалі більше занепокоєння серед домашнього птахівництва та птахівництва через серйозний вплив, який вони можуть мати на здоров’я стада та економічні засоби існування. Пташині параміксовіруси (APMV) — це патогенні РНК-віруси негативного сенсу, які викликають серйозні інфекції дихальної та центральної нервової системи. APMV був виявлений у кількох видів птахів під час міграційного сезону 2017 року в Україні та досліджений за допомогою ПЛР, ізоляції вірусу та секвенування. З 4090 зразків диких птахів одинадцять мазків були виділені в курячих ембріонах і ідентифіковані на APMV серотип за тестом інгібування гемаглютиніну: APMV-1, APMV-4, APMV-6, APMV-7. У різних місцях в Україні ми охарактеризували вірулентність вірусу та додатково проаналізували та передбачили потенційні ризики поширення на імунологічно наївні групи населення. РНК екстрагували та ампліфікували з використанням праймерного підходу мультиплексного тайлінгу, щоб охопити повні геноми APMV. Повнорозмірні геноми APMV-1 (n=5) і APMV-6 (n=2) секвенували на пристрої Oxford Nanopore MinION в Україні. Усі злиті (F) білки APMV-1 і APMV-6 мали одноосновний сайт розщеплення, що свідчить про те, що ці APMV, ймовірно, були низьковірулентними штамами, що циркулювали щорічно. Використання цього недорогого методу дозволить виявити прогалини в еволюції та циркуляції вірусу в цьому маловивченому, але важливому для Євразії регіоні.
  • Зображення мініатюри
    Документ
    Genetic diversity of Newcastle disease viruses circulating in wild and synanthropic birds in Ukraine between 2006 and 2015
    (Frontiers Veterinary Science лицензии Creative Commons Attribution License (CC BY), 2023) Goraichuk, I.; Gerilovych, A.; Bolotin, V.; Solodiankin, O.; Dimitrov, K.; Rula, O.; Muzyka, N.; Mezinov, O.; Stegniy, B.; Kolesnyk, O.; Pantin-Jackwood, M.; Miller, P.; Claudio, A.; Muzyka, D.
    Newcastle disease virus (NDV) infects a wide range of bird species worldwide and is of importance to the poultry industry. Although certain virus genotypes are clearly associated with wild bird species, the role of those species in the movement of viruses and the migratory routes they follow is still unclear. In this study, we performed a phylogenetic analysis of nineteen NDV sequences that were identified among 21,924 samples collected from wild and synanthropic birds from different regions of Ukraine from 2006 to 2015 and compared them with isolates from other continents. In synanthropic birds, NDV strains of genotype II, VI, VII, and XXI of class II were detected. The fusion gene sequences of these strains were similar to strains detected in birds from different geographical regions of Europe and Asia. However, it is noteworthy to mention the isolation of vaccine viruses from synanthropic birds, suggesting the possibility of their role in viral transmission from vaccinated poultry to wild birds, which may lead to the further spreading of vaccine viruses into other regions during wild bird migration. Moreover, here we present the first publicly available complete NDV F gene from a crow (genus Corvus). Additionally, our phylogenetic results indicated a possible connection of Ukrainian NDV isolates with genotype XXI strains circulating in Kazakhstan. Among strains from wild birds, NDVs of genotype 1 of class I and genotype I of class II were detected. The phylogenetic analysis highlighted the possible exchange of these NDV strains between wild waterfowl from the Azov-Black Sea region of Ukraine and waterfowl from different continents, including Europe, Asia, and Africa. Вірус ньюкаслської хвороби (ВНХ) інфікує широкий спектр видів птахів у всьому світі і має важливе значення для птахівничої галузі. Хоча певні генотипи вірусу чітко асоціюються з дикими видами птахів, роль цих видів у поширенні вірусу та міграційні шляхи, якими він рухається, залишаються нез'ясованими. У цьому дослідженні ми провели філогенетичний аналіз дев'ятнадцяти послідовностей NDV, які були ідентифіковані серед 21 924 зразків, зібраних у диких і синантропних птахів з різних регіонів України з 2006 по 2015 рік, і порівняли їх з ізолятами з інших континентів. У синантропних птахів виявлено штами NDV генотипів II, VI, VII та XXI класу II. Послідовності злитих генів цих штамів були подібні до штамів, виявлених у птахів з різних географічних регіонів Європи та Азії. Однак слід зазначити, що виділення вакцинних вірусів від синантропних птахів свідчить про можливість їхньої ролі у передачі вірусу від вакцинованої птиці до диких птахів, що може призвести до подальшого поширення вакцинних вірусів в інші регіони під час міграції диких птахів. Крім того, тут ми представляємо перший публічно доступний повний ген NDV F ворони (рід Corvus). Крім того, наші філогенетичні результати вказують на можливий зв'язок українських ізолятів NDV зі штамами генотипу XXI, що циркулюють у Казахстані. A Серед штамів, отриманих від диких птахів, були виявлені НДВ генотипу 1 класу I та генотипу I класу II. Філогенетичний аналіз показав можливий обмін цими штамами НДВ між дикими водоплавними птахами Азово-Чорноморського регіону України та водоплавними птахами з різних континентів, включаючи Європу, Азію та Африку.