Перегляд за Автор "Muzyka, D."

Зараз показано 1 - 6 з 6
  • Зображення мініатюри
    Документ
    Complete Genome Sequence of an Avian Orthoavulavirus 13 Strain Detected in Ukraine
    (Microbiology Resource Announcements, 2023) Goraichuk, I. V.; Muzyka, D.; Gaidash, O.; Gerilovych, A.; Stegniy, B.; Pantin-Jackwood, M. J.; Miller, P. J.; Afonso, C. L.; Suarez, D. L.
    We report the complete genome sequence of an avian orthoavulavirus 13 strain, isolated from a white-fronted goose in the Odesa region of Ukraine in 2013. The detection of avian orthoavulavirus 13 in Ukraine confirms that the geographic distribution of this virus extends beyond Asia. Ми повідомляємо повну послідовність генома пташиного ортоавулавірусу 13 штам, виділений від гуски білолобої в Одеській області України в 2013 р. виявлення ортоавулавірусу птахів 13 в Україні підтверджує, що географічне поширення цього вірусу поширюється за межі Азії.
  • Зображення мініатюри
    Документ
    Discovery of Avian Paramyxoviruses APMV-1 and APMV-6 in Shorebirds and Waterfowl in Southern Ukraine
    (Creative Commons CC BY, 2022-06-23) Klink, A. C.; Rula, O.; Sushko, M.; Bezymennyi, M.; Mezinov, O.; Gaidash, O.; Bai, X.; Stegniy, A.; Sushko, M.; Datsenko, R.; Skorohod, S.; Nedosekov, V.; Hill, N.; Ninu, L.; Kovalenko, G.; Ducluzeau, A; Mezhenskiy, A.; Drown, D.; Causey, D.; Stegniy, B.; Gerilovych, A.; Bortz, E.; Muzyka, D.
    Emerging RNA virus infections are a growing concern among domestic bird and poultry industries due to the severe impact it can have on the flock health and economic livelihoods. Avian paramyxoviruses (APMV) are pathogenic, negative sense RNA viruses that cause serious infections in the respiratory and central nervous system. APMV was detected in multiple avian species during the 2017 migration season in Ukraine, and studied using PCR, virus isolation, and sequencing. Of the 4090 wild bird samples, eleven swabs were isolated in chicken embryos and identified for APMV serotype by hemagglutinin inhibition test: APMV-1, APMV-4, APMV-6, APMV-7. At a variety of sites in Ukraine we characterized the virulence of the virus and further analyzed and predicted the potential risks of spillover to immunologically naïve populations. RNA was extracted and amplified using a multiplex-tiling primer approach to encompass full APMV genomes. Full-length APMV-1 (n=5) and APMV-6 (n=2) genomes were sequenced on an Oxford Nanopore MinION device in Ukraine. All APMV-1 and APMV-6 fusion (F) proteins possessed a monobasic cleavage site, suggesting these APMV were likely low virulence, annually circulating strains. Utilization of this lowcost method will identify gaps in viral evolution and circulation in this understudied but important critical region for Eurasia. Нові РНК-вірусні інфекції викликають дедалі більше занепокоєння серед домашнього птахівництва та птахівництва через серйозний вплив, який вони можуть мати на здоров’я стада та економічні засоби існування. Пташині параміксовіруси (APMV) — це патогенні РНК-віруси негативного сенсу, які викликають серйозні інфекції дихальної та центральної нервової системи. APMV був виявлений у кількох видів птахів під час міграційного сезону 2017 року в Україні та досліджений за допомогою ПЛР, ізоляції вірусу та секвенування. З 4090 зразків диких птахів одинадцять мазків були виділені в курячих ембріонах і ідентифіковані на APMV серотип за тестом інгібування гемаглютиніну: APMV-1, APMV-4, APMV-6, APMV-7. У різних місцях в Україні ми охарактеризували вірулентність вірусу та додатково проаналізували та передбачили потенційні ризики поширення на імунологічно наївні групи населення. РНК екстрагували та ампліфікували з використанням праймерного підходу мультиплексного тайлінгу, щоб охопити повні геноми APMV. Повнорозмірні геноми APMV-1 (n=5) і APMV-6 (n=2) секвенували на пристрої Oxford Nanopore MinION в Україні. Усі злиті (F) білки APMV-1 і APMV-6 мали одноосновний сайт розщеплення, що свідчить про те, що ці APMV, ймовірно, були низьковірулентними штамами, що циркулювали щорічно. Використання цього недорогого методу дозволить виявити прогалини в еволюції та циркуляції вірусу в цьому маловивченому, але важливому для Євразії регіоні.
  • Зображення мініатюри
    Документ
    First data on bacteria associated with bat ectoparasites collected in Kharkiv oblast, Northeastern Ukraine
    (publisher BioMtd Central, 2022) Vlaschenko, A.; Răileanu, C.; Tauchmann, O.; Muzyka, D.; Bohodist, V.; Filatov, S.; Rodenko, O.; Tovstukha, I.; Silaghi, C.
    Bats (Mammalia: Chiroptera) serve as natural reservoirs for many zoonotic pathogens worldwide, including vector-borne pathogens. However, bat-associated parasitic arthropods and their microbiota are thus far not thoroughly described in many regions across the globe, nor is their role in the spillover of pathogens to other vertebrate species well understood. Basic epidemiological research is needed to disentangle the complex ecological interactions among bats, their specifc ectoparasites and microorganisms they harbor. Some countries, such as Ukraine, are particularly data-defcient in this respect as the ectoparasitic fauna is poorly documented there and has never been screened for the presence of medically important microorganisms. Therefore, the aims of this study were to provide frst data on this topic. Methods: A total of 239 arthropod specimens were collected from bats. They belonged to several major groups of external parasites, including soft ticks, feas, and nycteribiid fies from six chiropteran species in Northeastern Ukraine. The ectoparasites were individually screened for the presence of DNA of Rickettsia spp., Anaplasma/Ehrlichia spp., Bartonella spp., Borrelia spp., and Babesia spp. with conventional PCRs. Positive samples were amplifed at several loci, sequenced for species identifcation, and subjected to phylogenetic analysis. Results: Rickettsia DNA was detected exclusively in specimens of the soft tick, Carios vespertilionis (7 out of 43 or 16.3%). Sequencing and phylogenetic analysis revealed high similarity to sequences from Rickettsia parkeri and several other Rickettsia species. Bacteria from the family Anaplasmataceae were detected in all groups of the ectoparasites (51%, 122/239 samples), belonging to the genera Anaplasma, Ehrlichia, and Wolbachia. The detection of Bartonella spp. was successful only in feas (Nycteridopsylla eusarca) and bat fies (Nycteribia koleantii, N. pedicularia), representing 12.1% (29/239) of the collected ectoparasites. No DNA of Babesia or Borrelia species was identifed in the samples. Conclusions: We report for the frst time in Ukraine the molecular detection of several bacterial agents in bat ectoparasites collected from six species of bats. The data presented extend the knowledge on the distribution of ectoparasite species in bats and their involvement in potentially circulating agents pathogenic for humans and vertebrate animals. Довідкова інформація: кажани (Mammalia: Chiroptera) є природними резервуарами для багатьох зоонозних патогенів у всьому світі, в тому числі переносні патогени. Однак асоційовані з кажанами паразитичні членистоногі та їх мікробіота поки що детально не описані в багатьох регіонах по всьому світу, а також їхня роль у поширенні патогенів на інші види хребетних добре вивчені. Необхідні фундаментальні епідеміологічні дослідження, щоб роз’єднати складні екологічні взаємодії між кажанами, їхніми специфічними ектопаразитами та мікроорганізмами, які вони живуть. Деякі країни, наприклад в Україні особливо бракує даних у цьому відношенні, оскільки ектопаразитична фауна там погано задокументована і ніколи не проходила скринінг на наявність важливих для медицини мікроорганізмів. Тому цілями даного дослідження було надати перші дані з цієї теми. Методи: у кажанів було зібрано 239 зразків членистоногих. Вони належали до кількох великих груп зовнішні паразити, у тому числі м’які кліщі, феї та ніктерибієві фії шести видів рукокрилих у північно-східній Україні. Ектопаразитів індивідуально перевіряли на наявність ДНК Rickettsia spp., Anaplasma/Ehrlichia spp., Bartonella spp., Borrelia spp. і Babesia spp. зі звичайними ПЛР. Позитивні зразки були ампліфіковані в кількох локусах, секвенували для ідентифікації виду та піддавали філогенетичного аналізу. Результати: ДНК рикетсій виявлено виключно у зразках м’якого кліща Carios vespertilionis (7 із 43 або 16,3%). Секвенування та філогенетичний аналіз виявили високу подібність до послідовностей Rickettsia parkeri та кількох інші види рикетсій. У всіх групах ектопаразитів виявлені бактерії родини Anaplasmataceae (51%, 122/239 проб), належать до родів Anaplasma, Ehrlichia, Wolbachia. Виявлення Bartonella spp. був успішним лише у льоду (Nycteridopsylla eusarca) та рукокрилі (Nycteribia koleantii, N. pedicularia), що представляють 12,1% (29/239) зібраних ектопаразитів. У зразках не виявлено ДНК видів Babesia або Borrelia. Висновки: ми вперше в Україні повідомляємо про молекулярне виявлення кількох бактеріальних агентів у кажанів. ектопаразитів, зібраних у шести видів кажанів. Представлені дані розширюють знання про розподіл види ектопаразитів у кажанів та їх участь у потенційно циркулюючих агентах, патогенних для людини та хребетних тварин.
  • Зображення мініатюри
    Документ
    Genetic diversity of Newcastle disease viruses circulating in wild and synanthropic birds in Ukraine between 2006 and 2015
    (Frontiers Veterinary Science лицензии Creative Commons Attribution License (CC BY), 2023) Goraichuk, I.; Gerilovych, A.; Bolotin, V.; Solodiankin, O.; Dimitrov, K.; Rula, O.; Muzyka, N.; Mezinov, O.; Stegniy, B.; Kolesnyk, O.; Pantin-Jackwood, M.; Miller, P.; Claudio, A.; Muzyka, D.
    Newcastle disease virus (NDV) infects a wide range of bird species worldwide and is of importance to the poultry industry. Although certain virus genotypes are clearly associated with wild bird species, the role of those species in the movement of viruses and the migratory routes they follow is still unclear. In this study, we performed a phylogenetic analysis of nineteen NDV sequences that were identified among 21,924 samples collected from wild and synanthropic birds from different regions of Ukraine from 2006 to 2015 and compared them with isolates from other continents. In synanthropic birds, NDV strains of genotype II, VI, VII, and XXI of class II were detected. The fusion gene sequences of these strains were similar to strains detected in birds from different geographical regions of Europe and Asia. However, it is noteworthy to mention the isolation of vaccine viruses from synanthropic birds, suggesting the possibility of their role in viral transmission from vaccinated poultry to wild birds, which may lead to the further spreading of vaccine viruses into other regions during wild bird migration. Moreover, here we present the first publicly available complete NDV F gene from a crow (genus Corvus). Additionally, our phylogenetic results indicated a possible connection of Ukrainian NDV isolates with genotype XXI strains circulating in Kazakhstan. Among strains from wild birds, NDVs of genotype 1 of class I and genotype I of class II were detected. The phylogenetic analysis highlighted the possible exchange of these NDV strains between wild waterfowl from the Azov-Black Sea region of Ukraine and waterfowl from different continents, including Europe, Asia, and Africa. Вірус ньюкаслської хвороби (ВНХ) інфікує широкий спектр видів птахів у всьому світі і має важливе значення для птахівничої галузі. Хоча певні генотипи вірусу чітко асоціюються з дикими видами птахів, роль цих видів у поширенні вірусу та міграційні шляхи, якими він рухається, залишаються нез'ясованими. У цьому дослідженні ми провели філогенетичний аналіз дев'ятнадцяти послідовностей NDV, які були ідентифіковані серед 21 924 зразків, зібраних у диких і синантропних птахів з різних регіонів України з 2006 по 2015 рік, і порівняли їх з ізолятами з інших континентів. У синантропних птахів виявлено штами NDV генотипів II, VI, VII та XXI класу II. Послідовності злитих генів цих штамів були подібні до штамів, виявлених у птахів з різних географічних регіонів Європи та Азії. Однак слід зазначити, що виділення вакцинних вірусів від синантропних птахів свідчить про можливість їхньої ролі у передачі вірусу від вакцинованої птиці до диких птахів, що може призвести до подальшого поширення вакцинних вірусів в інші регіони під час міграції диких птахів. Крім того, тут ми представляємо перший публічно доступний повний ген NDV F ворони (рід Corvus). Крім того, наші філогенетичні результати вказують на можливий зв'язок українських ізолятів NDV зі штамами генотипу XXI, що циркулюють у Казахстані. A Серед штамів, отриманих від диких птахів, були виявлені НДВ генотипу 1 класу I та генотипу I класу II. Філогенетичний аналіз показав можливий обмін цими штамами НДВ між дикими водоплавними птахами Азово-Чорноморського регіону України та водоплавними птахами з різних континентів, включаючи Європу, Азію та Африку.
  • Зображення мініатюри
    Документ
    Research despite the war: surveillance of emerging viral and bacterial pathogens in wild birds and animals in Ukraine
    (Swedish Veterinary Agency, SVA, 2024-09-25) Muzyka, D.; Rula, O.; Muzyka, N.; Mezinov, O.; Vlaschenko, A.; Echkenko, R.; Popova, A.; Yurko, P.; Gaidash, O.; Pantin-Jackwood, M.; Beer, M.; Fair, J.; Owen, J.; Waldenström, J.
    Background and objectives: Wild birds and animals are hosts to many pathogens that pose a risk to humans and domestic animals, such as influenza A virus, flaviviruses, coronaviruses, avian avuloviruses, tick-borne viruses, pathogens and drug-resistant bacteria. Surveillance for such pathogens is vital for predicting and preparing for future outbreaks and pandemics. The war in Ukraine is creating new challenges for One Health, and is spreading beyond Ukraine to the whole of Europe..Materials and Methods: Surveys of emerging wildlife pathogens were conducted in Ukraine from 2009-2024. Classical virological, serological, PCR, and equencing methods were used for the study. Results: Surveillance efforts continue despite the war in Ukraine that began in 2014 and the full-scale invasion in 2022. Передумови та цілі: дикі птахи та тварини є господарями багатьох патогенів, які становлять небезпеку для людини і домашніх тварин, таких як вірус грипу А, флавівіруси, коронавіруси, пташині авуловіруси, віруси кліщів патогени та бактерії, стійкі до ліків. Спостереження за такими патогенами є життєво важливим для прогнозування та підготовки для майбутніх спалахів і пандемій. Війна в Україні створює нові виклики для One Health, і поширюється за межі України, на всю Європу.Матеріали та методи: Дослідження нових патогенів дикої природи проводилися в Україні з 2009-2024. Для дослідження використовували класичні вірусологічні, серологічні методи, ПЛР та секвенування. Результати: Зусилля зі спостереження тривають, незважаючи на війну в Україні, яка почалася в 2014 році, і повномасштабне вторгнення в 2022 році.
  • Зображення мініатюри
    Документ
    Аntibiotic resistance of bacterial cultures isolated from the feral pigeon (Columba livia) and starling (Sturnus vulgaris) at a solid waste landfill
    (Oles Honchar Dnipro National University, 2022) Dementieieva, Y. Y.; Muzyka, N.; Muzyka, D.; Chaplygina, A. B.
    Resistance to antibiotics is well-known global phenomenon. There are places contributing to the development of antibiotic resistance such as waste landfills, especially ones that accept medical waste which did not undergo disinfection and livestock waste with bacteria not sensitive to antibiotics. An extensive system of transfer of antibiotic resistant microorganisms is formed on these territories (zoochory, groundwater, transport etc.). The aim of the research was to determine the species composition of bacteria isolated from birds of Derhachi municipal solid waste landfills in Kharkiv city, Ukraine. Also, we determine the sensitivity of bacterial isolates to a number of standard antibiotic drugs. We collected droppings of feral pigeons (Columba livia Gmelin, 1789; Columbidae) and starlings (Sturnus vulgaris Linnaeus, 1758; Sturnidae) during the winter period in 2020/2021; both species are dominants of waste landfills. We isolated 15 bacteria species of 4 families by bacteriological methods (growing on simple and selective media and identification by biochemical properties): Enterobacteriaceae (Enterobacter asburiae, E. dissolvens, E. cancerogenus, E. cloacae, E. sakazakii, Escherichia coli, Klebsiella terrigena, K. ornithinolytica, Citrobacter freundii, Proteus mirabilis), Yersiniaceae (Serratia ficaria, S.rubidaea, S. entomophila), Morganellaceae (Providencia stuartii) and Pseudomonadaceaе (Pseudomonas aeruginosa). Sensitivity was determined by the disk-diffusion method to 18 antibiotics. Ten isolates turned out to be multiresistant-resistant to three or more classes of antimicrobial drugs. A promising direction for future research is the determination of the pathogenicity of the isolates and checking the roles of birds of Derhachi solid waste landfills as reservoirs of pathogens. Currently, it can be assumed that large concentrations of synanthropic birds (especially those that forage on solid waste landfills) with a high probability are reservoirs of many bacteria, in particular those that have developed resistance to drugs. Стійкість до антибіотиків - добре відоме глобальне явище. Існують місця, що сприяють розвитку стійкості до антибіотиків, такі як звалища, особливо ті, що приймають медичні відходи, які не пройшли дезінфекцію, та відходи тваринництва, що містять бактеріями, не чутливими до антибіотиків. На цих територіях формується розгалужена система перенесення стійких до антибіотиків мікроорганізмів (зоокуточки, ґрунтові води, транспорт тощо). Метою дослідження було визначення видового складу бактерій, виділених від птахів Дергачівського міського полігону твердих побутових відходів у м. Харків, Україна. Також ми визначили чутливість бактеріальних ізолятів до ряду стандартних антибіотиків. Ми збирали послід диких голубів (Columba livia Gmelin, 1789; Columbidae) та шпаків (Sturnus vulgaris Linnaeus, 1758; Sturnidae) протягом зимового періоду 2020/2021 років; обидва види є домінантами звалищ відходів. Бактеріологічними методами (вирощування на простих і селективних середовищах та ідентифікація за біохімічними властивостями) було виділено 15 видів бактерій з 4 родин біохімічними властивостями): Enterobacteriaceae (Enterobacter asburiae, E. dissolvens, E. cancerogenus, E. cloacae, E. sakazakii, Escherichia coli, Klebsiella terrigena, K. ornithinolytica, Citrobacter freundii, Proteus mirabilis), Yersiniaceae (Serratia ficaria, S.rubidaea, S. entomophila), Morganellaceae (Providencia stuartii) та Pseudomonadaceaе (Pseudomonas aeruginosa). Чутливість визначали методом диск-дифузії до 18 антибіотиків. Десять ізолятів виявилися полірезистентними - стійкими до трьох і більше класів антимікробних препаратів. Перспективним напрямком подальших досліджень є визначення патогенності виділених ізолятів та перевірка ролі птахів Дергачівського полігону твердих побутових відходів як резервуарів збудників. Наразі можна припустити, що великі концентрації синантропних птахів (особливо тих, що живляться на звалищах ТПВ) з високою ймовірністю є резервуарами багатьох бактерій, зокрема тих, що набули резистентності до лікарських препаратів.