Перегляд за Автор "Pakhomov, O."

Зараз показано 1 - 4 з 4
  • Зображення мініатюри
    Документ
    Sex identification of different species of wild birds using a single universal protocol to the bird sexing method based on gene polymorphism
    (Дніпропетровський національний університет імені Олеся Гончара, 2020) Rudaуа, S.; Katerynych, O.; Drahulian, M.; Chaplygina, A.; Pakhomov, O.
    This article presents an elaboration of the protocol for the method of sexing wild birds based on the polymorphism of the CHD gene using P2/P8 primer for Common Pheasant – Phasianus colchicus (Linnaeus, 1758; Galliformes, Phasianidae); Silver Lofur or Silver Pheasant – Lophura nycthemera (Linnaeus, 1758; Galliformes, Phasianidae), Budgerigar – Melopsittacus undu-latus (Shaw, 1805; Psittaciformes, Psittacidae), Herring Gull – Larus argentatus (Pontoppidan, 1763; Charadriiformes, Laridae), and White Stork – Ciconia ciconia (Linnaeus, 1758; Ciconiiformes, Ciconiidae). Blood samples were taken from Common Pheasant, Silver Pheasant and White Stork using the “drop of blood on paper” method. For the Budgerigar and the Herring Gull, DNA was isolated from the feather follicle. To isolate DNA, a commercial NeoPrep 100 DNA reagent kit (Neogen, Ukraine) was used. Primers P2/P8 were used for PCR; PCR was performed using GenPac PCR Core reagents (Neogen, Ukraine). We selected the optimal amount of Tag polymerase, the amount of DNA and primers and, according to the amount of reagents, set acceptable amplification modes and electrophoresis agarose gel percentage. Prior to PCR, additional DNA gel electrophoresis purification is proposed, which increases the percentage of positive sex determination results. It was found that the ideal mixture for the 5 bird species was an amplification mixture (total volume 20 μL, containing 1 U Tag polymerase, 100 ng DNA and 0.6 μM of each primer). The amplified CHD-Z fragment of Common and Silver pheasants is of ~340 n. p., CHD-W ~360 n. p. Herring Gull and Budgerigar have ~350 n. p. of CHD-Z length, and ~400 n. p. of CHD-W length, White Stork has its CHD-Z of ~ 370 n. p. long. It is advisable to investigate the genome of the experimental bird species using horizontal electrophoresis in agar’s gel with the concentration of 5%, which makes it possible to clearly visualize the female genotype. The universal protocol of the method of sex determination based on polymorphism of the CHD gene for the 5 studied bird species is described. These results of the study led to the conclusion that for the simultaneous sexing of several species of birds, it is advisable to develop a unified protocol for determining the status of the CHD gene, with the aim of clarifying the gender, as well as new approaches in ornithology and ecology aimed at determining interspecific differences associated with gene polymorphism. Identification of differences in fragment sizes may be useful for identifying the species in cases when birds form mixed pairings for taxonomic and phylogenetic comparisons. У цій статті представлено опрацювання протоколу щодо методу статевої одиниці диких птахів на основі поліморфізму гена ІХС з використанням праймера P2/P8 для звичайного фазана - Phasianus colchicus (Linnaeus, 1758; Galliformes, Phasianidae); Срібний лофур або сріблястий фазан-Lophura nycthemera (Лінней, 1758; Galliformes, Phasianidae), хвилястий папуга-Melopsittacus undulatus (Шоу, 1805; Psittaciformes, Psittacidae), Чайка срібляста-Larus argentatus (Pontoppidane, 1763, і; Лелека білий - Ciconia ciconia (Linnaeus, 1758; Ciconiiformes, Ciconiidae). Зразки крові відбирали у звичайного фазана, сріблястого фазана та білого лелеки методом «краплі крові на папері». Для хвилястого папуги та чайки сріблястої з фолікула пера було виділено ДНК. Для виділення ДНК використовували комерційний набір реагентів ДНК Neo Prep 100 (Neogen, Україна). Для ПЛР використовували праймери P2/P8; ПЛР проводили з використанням реагентів для ядерної ПЛР GenPac (Neogen, Україна). Ми вибрали оптимальну кількість Tag -полімерази, кількість ДНК і праймерів і, відповідно до кількості реагентів, встановили прийнятні режими ампліфікації та відсоток агарозного гелю електрофорезу. Перед ПЛР пропонується додаткове очищення ДНК -гелю електрофорезом, що збільшує відсоток позитивних результатів визначення статі. Було виявлено, що ідеальною сумішшю для 5 видів птахів була суміш для ампліфікації (загальний об’єм 20 мкл, що містить 1 U Tag -полімеразу, 100 нг ДНК і 0,6 мкМ кожного праймера). Посилений фрагмент CHD-Z звичайного та срібного фазанів становить ~ 340 н. п., CHD-W ~ 360 н. стор.Чайка срібляста і хвилястий папуга мають ~ 350 н. стор. довжиною CHD-Z і ~ 400 н. стор. довжиною CHD-W, білий лелека має CHD-Z ~ 370 н. стор. довго. Доцільно досліджувати геном дослідного виду птахів за допомогою горизонтального електрофорезу в гелі агару з концентрацією 5%, що дає можливість чітко уявити генотип самки. Описано універсальний протокол методу визначення статі на основі поліморфізму гена ІХС для 5 досліджуваних видів птахів. Ці результати дослідження привели до висновку, що для одночасної статі кількох видів птахів доцільно розробити єдиний протокол визначення статусу гена ІХС з метою уточнення статі, а також нові підходи в орнітології та екології, спрямовані на визначення міжвидових відмінностей, пов'язаних з поліморфізмом генів. Виявлення відмінностей у розмірах фрагментів може бути корисним для ідентифікації виду у випадках, коли птахи утворюють змішані пари для таксономічних та філогенетичних порівнянь. В данной статье представлена разработка протокола метода определения пола диких птиц на основе полиморфизма гена CHD с использованием праймера P2 / P8 для фазана обыкновенного - Phasianus colchicus (Linnaeus, 1758; Galliformes, Phasianidae); Серебряный лофур, или серебряный фазан - Lophura nycthemera (Linnaeus, 1758; Galliformes, Phasianidae), волнистый попугайчик - Melopsittacus undulatus (Shaw, 1805; Psittaciformes, Psittacidae), серебристая чайка, Charmus argentatradus, Psittaciformes, Psittacidae); Белый аист - Ciconia ciconia (Linnaeus, 1758; Ciconiiformes, Ciconiidae). Образцы крови были взяты у фазана обыкновенного, серебряного фазана и белого аиста методом «капли крови на бумаге». Для волнистого попугайчика и серебристой чайки ДНК выделяли из перьевого фолликула. Для выделения ДНК использовали коммерческий набор реагентов NeoPrep 100 DNA (Neogen, Украина). Праймеры P2 / P8 использовали для ПЦР; ПЦР проводили с использованием реагентов GenPac PCR Core (Neogen, Украина). Мы выбрали оптимальное количество Tag-полимеразы, количество ДНК и праймеров и, в зависимости от количества реагентов, установили приемлемые режимы амплификации и процентное содержание электрофореза в агарозном геле. Перед ПЦР предлагается дополнительная очистка ДНК-гель-электрофорезом, что увеличивает процент положительных результатов определения пола. Было обнаружено, что идеальной смесью для 5 видов птиц была смесь для амплификации (общий объем 20 мкл, содержащий 1 U Tag-полимеразу, 100 нг ДНК и 0,6 мкМ каждого праймера). Амплифицированный фрагмент CHD-Z обыкновенного и серебряного фазанов имеет размер ~ 340 н. п., ЧД-Ш ~ 360 н. п. Селедочная чайка и волнистый попугайчик имеют ~ 350 n. п. длины ЧД-З и ~ 400 н. п. длины CHD-W, у White Stork значение CHD-Z составляет ~ 370 n. п. длинный. Целесообразно исследовать геном экспериментальных видов птиц с помощью горизонтального электрофореза в агаровом геле с концентрацией 5%, что позволяет четко визуализировать генотип самки. Описан универсальный протокол метода определения пола на основе полиморфизма гена CHD для 5 изученных видов птиц. Эти результаты исследования привели к выводу, что для одновременного определения пола нескольких видов птиц целесообразно разработать единый протокол определения статуса гена CHD с целью уточнения пола, а также новые подходы. в орнитологии и экологии с целью определения межвидовых различий, связанных с полиморфизмом генов. Выявление различий в размерах фрагментов может быть полезно для идентификации видов в тех случаях, когда птицы образуют смешанные пары для таксономических и филогенетических сравнений.
  • Зображення мініатюри
    Документ
    Trophic links of the blackbird (Turdus merula Linnaeus, 1758) in transformed forest ecosystems of north-eastern Ukraine.
    (Institute of Landscape Ecology of Slovak Academy of Sciences, 2020) Chaplygina, A.; Pakhomov, O.
    The blackbird (Turdus merula Linnaeus, 1758; Passeriformes, Turdidae) diet was studied to contribute to the conservation of the species population in transformed forests of the north-eastern part of Ukraine. Four forest ecosystems were studied: 3 model sites in the oak forests, transformed under intensive recreation pressure, and 1 model site in a pine-oak forest. A total of 44 invertebrate taxa, dominated by Insecta (78.1%, n = 1075), were found. The order Lepidoptera (63.5%) prevailed. In the diet of blackbird nestlings, the highest number of taxa (37.1–52.2%) was represented by phytophages. The phytophagous species also constituted the majority of the consumed prey items (58.8– 72.0%). Environmental conditions provided an important effect on the diet structure. The most favourable foraging conditions for the species were found in protected natural areas. According to the analysis, the blackbird foraging efficiency was similar in all the studied sites. The highest biodiversity indices were found in a protected area of Homilshanski Forests National Nature Park. Results of the research have indicated a crucial role of T. merula in the population management of potentially dangerous agricultural pests. Досліджено, що дієта чорного дрозда (Turdus merula Linnaeus, 1758; Passeriformes, Turdidae) сприяє збереження популяції виду у трансформованих лісах північно-східної частини України.Досліджено чотири лісові екосистеми: 3 модельні ділянки в дубових лісах, трансформованих під час інтенсивної рекреації. тиску, та 1 модельна ділянка в сосново-дубовому лісі. Всього 44 таксони безхребетних, серед яких домінують Insecta (78,1%, n = 1075), були знайдені. Переважав ряд лускокрилих (63,5%). У раціоні пташенят чорного дрозда, найбільша кількість таксонів (37,1–52,2%) була представлена ​​фітофагами. Також вид фітофагів становили більшість спожитої здобичі (58,8–72,0%). Забезпечені екологічні умови важливий вплив на структуру раціону. Найсприятливішими для виду були кормові умови зустрічаються на заповідних природних територіях. Згідно з аналізом, ефективність добування дрозда була схожою на всіх досліджуваних сайтах. Найвищі показники біорізноманіття виявлено на заповідній території Гомельшанського Національний природний парк Ліси. Результати дослідження вказали на вирішальну роль T. merula в управління популяцією потенційно небезпечних шкідників сільського господарства. Было изучено, что диета черного дрозда (Turdus merula Linnaeus, 1758; Passeriformes, Turdidae) способствует сохранение популяции вида в трансформированных лесах северо-востока Украины. Исследованы четыре лесные экосистемы: 3 модельных участка в дубовых лесах, преобразованных в условиях интенсивной рекреации.давление, и 1 модельный участок в сосново-дубовом лесу. Всего 44 таксона беспозвоночных, среди которых преобладают Insecta. (78,1%, n = 1075). Преобладал отряд чешуекрылых (63,5%). В рационе птенцов дрозда, наибольшее количество таксонов (37,1–52,2%) было представлено фитофагами. Фитофаги также составляли большую часть потребляемой добычи (58,8–72,0%). Условия окружающей среды при условии важное влияние на структуру диеты. Наиболее благоприятными условиями кормления для вида были: встречается на охраняемых природных территориях. Согласно анализу, эффективность кормодобывания черного дрозда была аналогичной. на всех изученных сайтах. Самые высокие показатели биоразнообразия обнаружены на охраняемой территории Гомильшанский. Национальный природный парк "Леса". Результаты исследования показали решающую роль T. merula в развитии борьба с популяциями потенциально опасных сельскохозяйственных вредителей.
  • Зображення мініатюри
    Документ
    Trophic links of the chaffinch (Fringilla coelebs) in transformed forest ecosystems of North-Eastern Ukraine
    (Oles Honchar Dnipro National University, 2020) Chaplygina, A.; Pakhomov, O.; Yevtushenko, H.; Brygadyrenko, V.
    The сhaffinch (Fringilla coelebs Linnaeus, 1758; Passeriformes, Fringillidae) is one of the most colourful forest species of birds living in Europe, West Asia and North Africa. The diet of this species was studied as a contribution to the conservation of the population of this species in transformed forests of the north-eastern part of Ukraine. Four forest ecosystems were studied: three model sites in oak forests, transformed under intensive recreation pressure, and one model site in a pine-oak forest. A total of 39 invertebrate taxa, dominated by Insecta (93.0%) were found. The orders Coleoptera (32.6%) and Lepidoptera (63.5%) prevailed in the diet of finch nestlings, the highest number of taxa (52.3–76.2%) was represented by phytophages. The phytophagous species also constituted the majority of the consumed prey items (44.0–55.6%). Environmental conditions provided an important effect on the diet structure. The most favourable foraging conditions for the species were found in protected natural areas. According to the analysis, the finch foraging efficiency was similar in all the studied sites. The highest biodiversity indices were found in a protected area of Homilshanski Forests National Nature Park. Results of the research have indicated the crucial role of Fringilla coelebs in the population management of potentially dangerous agricultural pests. Зяблик (Fringilla coelebs Linnaeus, 1758; Passeriformes, Fringillidae) — один із найколоритніших лісових видів птахів, що живуть у Європі, Західній Азії та Північній Африці. Раціон цього виду досліджувався як внесок у збереження популяції цього виду у трансформованих лісах північно-східної частини України. Було чотири лісові екосистеми досліджено: три модельні ділянки в дубових лісах, трансформованих під інтенсивним рекреаційним тиском, та одна модельна ділянка в сосновому лісі. Всього виявлено 39 таксонів безхребетних, серед яких домінують Insecta (93,0%). Порядки твердокрилі (32,6%) і лускокрилі. У раціоні пташенят зябликів переважали (63,5 %), найбільша кількість таксонів (52,3–76,2 %) була представлена фітофагами. Види фітофаги також становили більшість споживаної здобичі (44,0–55,6%). Екологічні умови мали важливий вплив на структуру раціону. Найсприятливішими для виду були кормові умови зустрічаються в заповідних природних територіях. Згідно з аналізом, ефективність нагулу зябликів була однаковою на всіх досліджуваних ділянках. Найвищі показники біорізноманіття виявлено на заповідній території Національного природного парку «Гомільшанські ліси». Результати дослідження вказали на вирішальну роль Fringilla coelebs в управлінні популяцією потенційно небезпечного шкідника сільського господарства Зяблик (Fringilla coelebs Linnaeus, 1758; Passeriformes, Fringillidae) — один из самых красочных лесных видов птиц, обитающих в Европе, Западной Азии и Северной Африке. Рацион этого вида изучался как вклад в сохранение популяции этого вида в трансформированных лесах северо-восточной части Украины. Четыре лесные экосистемы были изучены: три модельных участка в дубравах, трансформированных под интенсивным рекреационным прессом, и один модельный участок в сосново-дубовом лесу. Всего обнаружено 39 таксонов беспозвоночных, среди которых преобладают Insecta (93,0%). Отряды Coleoptera (32,6%) и Lepidoptera. В рационе птенцов вьюрков преобладали (63,5 %), наибольшее количество таксонов (52,3–76,2 %) было представлено фитофагами. Виды-фитофаги также составляли большую часть потребляемых объектов добычи (44,0–55,6%). Относящиеся к окружающей среде условия оказывали важное влияние на структуру рациона. Наиболее благоприятные кормовые условия для вида были встречается на охраняемых природных территориях. Согласно анализу, эффективность кормодобывания вьюрков была одинаковой на всех исследованных участках. Наиболее высокие показатели биоразнообразия отмечены на охраняемой территории Национального природного парка «Гомольшанские леса». Результаты исследования указали на решающую роль Fringilla coelebs в управлении популяциями потенциально опасных вредителей сельскохозяйственных угодий.
  • Зображення мініатюри
    Документ
    Trophic links of the song thrush (Turdus philomelos) in transformed forest ecosystems of North-Eastern Ukraine
    (Дніпропетровський національний університет імені Олеся Гончара, 2019) Chaplygina, A.; Pakhomov, O.; Brygadyrenko, V.
    The diet spectrum of the song thrush (Turdus philomelos Brehm, 1831; Passeriformes, Turdidae) was studied with the aim of supporting the population of the species in transformed forests of North-Eastern Ukraine. Four forest ecosystems were surveyed: three model sites in oak woodlands with different stages of recreational digression, and the fourth model site in a pine-oak forest. A total of 45 invertebrate taxa with the dominance of Insecta (64.6%, n = 1321), Oligochaеta (16.7%), and Gastropoda (12.0%) were revealed in the diet of the song thrush. At the level of orders, Lepidoptera (66.2%) was dominant. In the qualitative structure of the song thrush nestling diet, the highest number of taxa (40.5–59.1%) was represented by phytophages. Phytophagous species also comprised the majority of the consumed prey items (44.7–80.3%). Environmental conditions are an important factor, affecting the diet composition of birds. The most favourable foraging conditions for the thrushes were revealed in natural protected areas. The analysis has shown a fairly even foraging efficiency of the thrushes in all the studied sites. The highest biodiversity indices were found in a protected area of the National Nature Park “Homilshanski Forests”. The results of the research indicate an important role of T. philomelos in the population management of potentially dangerous agricultural pests. Трофічні ланки співочого дрозда (Turdus philomelos) в трансформованих лісових екосистемах Північно-Східної України Спектр харчування співочих дроздів (Turdus philomelosBrehm, 1831; Passeriformes, Turdidae) вивчався з метою підтримки популяції виду в трансформованих лісах Північно-Східної України. Були обстежені чотири лісові екосистеми: три модельних ділянки в дубових лісах з різною стадією рекреаційної дигрессии і четверта модельна ділянка в сосново-дубовому лісі. Всього 45 таксонів безхребетних з переважанням Insecta (64,6%, n = 1321), Oligochaеta (16,7%) і Gastropoda (12,0%). були виявлені в раціоні співочого дрозда. На рівні порядків домінували лускокрилі (66,2%). У якісному складі У раціоні пташенят співочого дрозда найбільшу кількість таксонів (40,5-59,1%) було представлено фитофагами. види фітофагів також складали велику частину споживаних предметів видобутку (44,7-80,3%). Умови навколишнього середовища є важливим фактором, що впливає на склад раціону птиці. Найбільш сприятливі умови годівлі дроздів виявлені в природоохоронних умовах області. Аналіз показав досить рівномірну кормопродуктивність дроздів на всіх вивчених ділянках. Найбільше біорізноманіття виявлено на території, що охороняється Національного природного парку «Хомільшанскі ліси». Результати дослідження вказують на важливу роль T. philomelosin в управлінні популяціями потенційно небезпечних сільськогосподарських шкідників. Трофические звенья певчего дрозда (Turdus philomelos) в трансформированных лесных экосистемах Северо-Восточной Украины Спектр питания певчих дроздов (Turdus philomelosBrehm, 1831; Passeriformes, Turdidae) изучался с целью поддержки популяции вида в трансформированных лесах Северо-Восточной Украины. Были обследованы четыре лесные экосистемы: три модельных участка в дубовых лесах с разной стадией рекреационной дигрессии и четвертый модельный участок в сосново-дубовом лесу. Всего 45 таксонов беспозвоночных с преобладанием Insecta (64,6%, n = 1321), Oligochaеta (16,7%) и Gastropoda (12,0%). были выявлены в рационе певчего дрозда. На уровне порядков доминировали чешуекрылые (66,2%). В качественном составе В рационе птенцов певчего дрозда наибольшее количество таксонов (40,5–59,1%) было представлено фитофагами. Виды фитофагов также составляли большую часть потребляемых предметов добычи (44,7–80,3%). Условия окружающей среды являются важным фактором, влияющие на состав рациона птицы. Наиболее благоприятные условия кормления дроздов выявлены в естественных охраняемых условиях области. Анализ показал достаточно равномерную кормопроизводительность дроздов на всех изученных участках. Наивысшее биоразнообразие Показатели найдены на охраняемой территории Национального природного парка «Хомильшанские леса». Результаты исследования указывают на важную роль T. philomelosin в управлении популяциями потенциально опасных сельскохозяйственных вредителей.